Bolesnici s EA imaju izražene simptome osnovne (crijevne) bolesti i artritis (upalu zgloba). Ova bolest se može pojaviti kao aksijalni artritis (upala zglobova kralježnice), periferni artritis (upala zglobova na rukama ili nogama) ili mješoviti.

Simptomi bolesti

Bolesnici s EA imaju izražene simptome osnovne (crijevne) bolesti i artritis (upalu zgloba). Ova bolest se može pojaviti kao aksijalni artritis (upala zglobova kralježnice), periferni artritis (upala zglobova na rukama ili nogama) ili mješoviti artritis (zahvaća zglobove na kralježnici, ali i zglobove ruku ili nogu).
Kod aksijalnog artritisa, simptomi su nagla bol ili ukočenost u donjem djelu leđa, koja se javlja u ranim jutarnjim satima i budi bolesnika iz sna. Slično kao i kod ankilozantnog spondilitisa. No, ne postoji razlika u spolnoj distribuciji kao kod ankilozantnog spondilitisa (AS), odnosno jednako se javlja i kod muškaraca i kod žena. Klinički simptomi su općenito blažeg intenziteta i tijeka nego kod AS, kao i promjene na RTG-u (rendgen). Za razliku od bolova u leđima zbog naprezanje mišića ili ozljede, koji se općenito pogoršavaju s aktivnošću  i smanjuju mirovanjem, ovaj tip bolova u leđima kod EA je drugačiji. Bolesnici s takvim bolovima i ukočenosti u leđima se bolje osjećaju kad su aktivni, odnosno prilikom razgibavanja, nego kad miruju ili odmaraju. Bolovi u leđima mogu prethoditi crijevnim simptomima osnovne bolesti (Crohnova bolest i ulcerozni kolitis), ali se uglavnom javljaju neovisno o aktivnosti crijevne bolesti, s učestalošću između 10-20% bolesnika s upalnim bolestima crijeva. 
Kod perifernog artritisa, obično se javlja oligoartritis (upala 2-4 zgloba) i to obično na koljenu i gležnju. Crijevne tegobe se mogu pojaviti u isto vrijeme kao i artritis ili se artritis može pojaviti i prije bolesti crijeva. Razlikujemo dva tipa perifernog artritisa: tip I i tip II, a javljaju se s podjednakom zastupljenošću u oba spola.
 Tip I perifernog artritisa ima slične simptome kao i reaktivni artritis. Što znači da se artritis javlja u  nekoliko zglobova, češće na nogama i asimetrično, odnosno ne zahvaća iste zglobove na obje ruke ili noge. Najčešće traje desetak tjedana, uglavnom prethodi  simptomima crijevne bolesti, ali se javlja i usporedno s pogoršanjem crijevne bolesti (egzacerbacijom crijevne bolesti). Udružen je s pojavom potkožnih čvorova, koji su bolni i mijenjaju boju, te s  epizodama upale srednje očne ovojnice (uveitisom), ali u pravilu ne dovodi do uništenja zglobova. Pojavnost HLA-B27 antigena u ovom tipu EA je 26%.
Tip II perifernog artritisa se javlja poprilično rijetko odnosno u manje od 3% bolesnika s upalnim bolestima crijeva (Crohnovoj bolesti i ulceroznom kolitisu), a pojavnost HLA-B27 je svega 4%. Najčešće se radi o simetričnoj upali više zglobova, odnosno zahvaćenost istih zglobova na rukama ili nogama. Prvenstveno su zahvaćeni zglobovi na šakama, pa ovaj oblik EA nalikuje reumatoidnom artritisu.
Enteropatski artritis bez obzira na oblik bolesti traje do nekoliko tjedana, u rijetkim slučajevima i do godine dana. Ostale kliničke manifestacije koje se mogu javiti u EA su pojava nodoznog eritema (crvenilo i upala u potkožnom tkivu), osteoporoza, iridociklitis (upala šarenice i zrakastog tijela), aftozne promjene sluznica, hepatitis (upala jetre), nefritis (upala bubrega) i druge.

Dijagnoza

Za postavljenja dijagnoze EA važan je razgovor s bolesnikom, a uvelike nam pomažu i laboratorijske pretrage, te odgovarajuća radiološka obrada. Bolesnik  će se tužiti na simptome osnovne (crijevne) bolesti, koje je važno povezati s pojavom bolova ili ukočenosti u zglobovima. Obično artritis prati aktivnost crijevne bolesti. Simptomi su vezani uz oblik bolesti, tako da može biti prisutna zahvaćenost zglobova kralježnice ili upala nekoliko zglobova na rukama ili nogama. U laboratorijskim pretragama krvi je prisutna anemija (“slabokrvnost“) i trombocitoza (povećani broj trombocita), koje su povezane uz crijevnu bolest, ali i povišen CRP (C-reaktivni protein) i sedimentacija eritrocita kao pokazatelji upalnog zbivanja u organizmu. Na rendgenskim snimkama nailazimo na nedostatak destruktivnih (erozivnih) promjena na perifernih zglobova i upalu sakroilijakalnih zglobova (zglobova između kralježnice i zdjelice).