Održavanje oralne i dentalne higijene je temelj prevencije infektivnog endokarditisa (IE) jer su bakterije streptokoki koji se nalaze u usnoj šupljini jedan od najčešćih uzročnika IE. Kod starijih osoba, osobito onih na hemodijalizi, koji boluju od šećerne bolesti ili imaju implantirane različite srčane uređaje, a koje su hospitalizirane, često se nalazi stafilokok kao uzročnik IE. Prilikom dentalnih zahvata, osobito vađenja zuba dolazi do ulaska bakterija u krvotok (bakterijemija).
Prema zadnjim smjernicama Europskog kardiološkog društva (ESC) 2015. godine i Američke srčane udruge (AHA) 2014. godine, znatno su reducirane indikacije antibiotske profilakse IE. Profilaksa IE se više ne preporučuje bolesnicima koji se izlažu dijagnostičkim ili terapijskim invazivnim postupcima i operacijama na probavnom ili mokraćno-spolnom sustavu. Kemoprofilaksa IE se preporučuje bolesnicima koji će biti podvrgnuti dentalnim zahvatima koji dovode do bakterijemije u visokorizičnih bolesnika za razvoj IE. Takav pristup prevenciji IE pokušava uravnotežiti rizike i koristi individualne i populacijske potrošnje antibiotika.

Režim uzimanja antibiotika u cilju prevencije IE je isti više godina: amoksicilin ili ampicilin 2 grama odraslima, a djeci 50mg/kg 30-60 minuta prije zahvata. Antibiotik se daje oralno ili intravenski. Bolesnicima koji su alergični na penicilin, umjesto tih antibiotika daje se klindamicin 600 mg odraslima, a djeci 20 mg/kg, oralno ili intravenski 30-60 minuta prije zahvata.

Prevencija IE prema AHA smjernicama iz 2014. g. obuhvaća sljedeće skupine visokorizičnih bolesnika:

1. Bolesnici s umjetnim srčanim zaliscima
2. Bolesnici s prethodno preboljelim IE
3. Bolesnici s transplantiranim srcem sa strukturnim abnormalnostima srčanih zalistaka koje dovode do njihove insuficijencije
4. Cijanotične srčane greške koje nisu korigirane
5. Korigirane srčane greške sa umjetnim materijalima ili uređajima prvih 6 mjeseci nakon zahvata

Prevencija IE prema ESC smjernicama iz 2015. g. obuhvaća sljedeće skupine visokorizičnih bolesnika:

1. Bolesnici s umjetnim srčanim zaliscima, uključujući i one koji su reparirani umjetnim materijalima
2. Bolesnici s prethodno preboljelim IE
3. Bolesnici s prirođenim srčanim bolestima: sve cijanotične srčane greške, sve koje su korigirane umjetnim materijalima prvih 6 mjeseci nakon zahvata ili doživotno ukoliko je zaostao „shunt“ ili insuficijencija srčanog zaliska

Smjernice i ESC-a i AHA za sve navedene rizične bolesnike navode da trebaju primiti antibiotsku profilaksu IE u slučaju dentalnih i oralnih zahvata koji uključuju manipulacije na zubnim desnima, periapikalnim regijama zubi, te perforacije sluznice usne šupljine.

Prema navedenim ESC i AHA smjernicama antibiotska profilaksa nije potrebna kod invazivnih zahvata na probavnom sustavu, mokraćno-spolnom sustavu, koži i mekim tkivima.