Hipohondrijski poremećaj moramo diferencirati od tjelesnih poremećaja, posebice od onih koje nije uvijek jednostavno dijagnosticirati.

Hipohondrijski poremećaj moramo diferencirati od tjelesnih poremećaja, posebice od onih koje nije uvijek jednostavno dijagnosticirati, kao što su multipla skleroza, mijastenija gravis, sistemski lupus eritematodes, AIDS, okultni neoplastični poremećaj, itd. Isto tako ga moramo razlikovati od somatizacijskog poremećaja kod kojeg je prisutan niz različitih simptoma, za razliku od hipohondrijskog poremećaja kod kojeg je naglašen strah od bolesti i puno manje simptoma.
 
Od konverzivnog poremećaja se razlikuje po tome što je konverzivni poremećaj akutan i obično prolazan, a uglavnom se radi o jednom simptomu. Bolni poremećaj ima kroničan karakter kao i hipohondrijski, no kod njega je fokus na osjećaj boli.

Kao što je ranije napomenuto, hipohondrijski se poremećaj vrlo često istovremeno javlja uz anksiozni i depresivni poremećaj. Ovaj poremećaj moramo razlikovati od paničnog poremećaja kod kojeg osoba iskazuje strah od tjelesne bolesti (npr. srčanog ili moždanog udara), no istovremeno su prisutni jasni simptomi paničnog poremećaja. Isto tako ga je potrebno razlikovati od simulirajućeg i umišljenog poremećaja.
 
Sumanute hipohondrijske ideje mogu se javiti u sklopu shizofrenije i drugih psihotičnih poremećaja, no takvi simptomi su obično bizarni, upadni i nisu u skladu s realitetom.

Hipohondrijski poremećaj obično je epizodičan, a epizode traju nekoliko mjeseci ili godina, a periodi između njih obično podjednako toliko traju. Vrlo često se nova epizoda javi nakon što je potaknuta nekim nepovoljnim psihosocijalnim stresorom. Na bolji oporavak od bolesti utječu visoki socioekonomski status, nepostojanje nepsihijatrijskih poremećaja, nagla pojava simptoma, itd.

Nepovoljno je to što je velik broj bolesnika rezistentan na psihijatrijsko liječenje. Korisna se pokazala grupna psihoterapija radi pružanja socijalne podrške i smanjivanja anksioznosti. Preporučaju se također individualna psihoterapija te kognitivno-bihevioralna psihoterapija.

Farmakoterapija je indicirana samo u slučajevima kada su prisutni depresivni ili anksiozni simptomi. Ako se hipohondrijski poremećaj javlja sekundarno, liječenje je u prvom redu usmjereno na primarnu bolest. Kod prolaznog hipohondrijskog poremećaja koji je posljedica određene stresne situacije, važno je pomoći bolesniku da nadvlada navedeni stres te da se s neugodnom i teškom situacijom suoči na aktivan način, bez bježanja u bolest.

Kako je bolesnik posve okupiran razmišljanjem o simptomima i strahom da boluje od neizlječive bolesti, vrlo ga je teško uvjeriti u suprotno. Radi toga mu je važna podrška kako bi uspio pronaći konstruktivnije načine za nošenje sa stresnim situacijama. U tome mu mogu pomoći redoviti pregledi kod svog liječnika kako se ne bi osjećao napušteno i prepušten uznemirujućim razmišljanjima, dok je invazivne dijagnostičke postupke potrebno poduzimati samo ako su objektivno indicirani.