Endoskopske metode u gastroenterologiji su gastroskopija, kolonoskopija, enteroskopija (pregled tankog crijeva). Dalje tu spada endoskopski ultrazvuk, dakle ultrazvučni aparat na vrhu endoskopskog aparata kojim se može učiniti ultrazvučni pregled.

Endoskopske  metode  u gastroenterologiji su gastroskopija, kolonoskopija, enteroskopija (pregled  tankog crijeva ). Dalje  tu spada endoskopski ultrazvuk, dakle ultrazvučni aparat na  vrhu endoskopskog aparata kojim se  može  učiniti ultrazvučni pregled iz lumena crijeva sa  odličnim prikazom gušterače,  žučnih vodova i limfnih čvorova u tom području, te  stjenke  želuca, jednjaka  i dvanaesnika. Zadnja  metoda, koja  je  u pravilu terapijska je ERCP, endoskopska  retrogradna  kolangiopankreatografija, kojom se  mogu ukloniti konkrementi iz žučnih vodova, te  vršiti razni zahvati kod  žutice  i tumora  jetre,  gušterače  i žučnih vodova. Gastroskopija  i kolonoskopija su postale  rutinske  metode u dijagnostici bolesti probavne cijevi, a  preventivni pregledi dio su opće zdravstvene  kulture.

Gornjomendoskopijomili gastroskopijom, pregledava se sluznica gornjeg dijela probavnog sustava,  jednjak, želudac i dvanaesnik. Pretraga se izvodi vrlo tankim savitljivim instrumentom, poput malog prsta, nakome se nalazi optički instrumenti izvor svijetla, što omogućuje prikaz unutrašnjosti organana vanjskome kranu. Pretraga se izvodi na lijevom boku, na tašte ili nakon gladovanja najmanje 4 sata. Prije pretrage se postavi štitnik za usta, te se daje lokalna anestezija lidokainom u obliku spreja. Za vrijeme pretrage bolesnik može normalno disati, bilo na usta ili nos. Aparat se pažljivo uvodi kroz usta, dalje u jednjak, želudac i dvanaesnik. Pretraga je u osnovi neugodna, ali nije bolna. Ako su ljudi izrazito osjetljivi ili se boje pretrage,  može se obaviti u kratkotrajnoj intravenskoj anesteziji. Liječnik tijekom pretrage može uzeti mali uzorak tkiva za dodatne pretrage, za određivanje H.pylori, koja predstavlja čimbenik rizika za razvoj kroničnih želučanih bolesti, a mogu se odstraniti dobroćudne izrasline na sluznici, polipi. Također je u krvarećih ulkusa moguće zaustavljanje krvarenja. Poslije pretrage ne smije se jesti sat do dva, dok ne popusti djelovanje lokalne anestezije u ždrijelu. Pretragu je potrebno učiniti u svake osobe starije od 45 godina koja ima novonastalu bol u žličici, osjećaj nadutosti nakon određene hrane ili žgaravicu, te u svake osobe koja ima takozvane alarmantne simptome, kao što su pojava krvi u stolici ili crna stolica poput katrana, osjećaj otežanog gutanja (disfagija), gubitak na težini ili slabokrvnost (osobito u muškaraca).Ova je pretraga neusporedivo bolja u odnosu na rendgensko snimanje želuca.

Kolonoskopija je pregled debelog crijeva, od najnižeg dijela, rektuma, pa sve do spoja debelog i tankog crijeva. Pretraga se vrši savitljivim aparatom poput tanke  cijevi debljine kažiprsta sa svijetlom i kamerom na vrhu. Uvodi se kroz analni otvor  u debelo crijevo. 

Pregled treba učiniti kod svake relativno naglo nastale promjene ritma pražnjenja crijeva, pojave razdoblja zatvora koji se izmjenjuju sa pojavom proljeva, neobjašnjive boli u trbuhu, pojavi krvi u stolici ili nakon stolice. Pregled bi trebalo učiniti u svih osoba starijih od pedeset godina, a kod ljudi sa podacima o polipima ili raku debelog crijeva u obitelji iza  četrdesete godine ili deset godina  prije pojave raka  debelog crijeva u najmlađeg člana  obitelji. Kolonoskopija dozvoljava liječniku da vidi i najmanje  promjene na  sluznici crijeva, te  da istovremeno uzima  materijal za  patohistološku analizu ili da odmah odstrani polipe. Crijevo mora biti u potpunosti prazno prije pregleda, te  je dva do tri dana pred pregled potrebno provesti pripremu (čišćenje crijeva) prema uputi koju svaki pacijent dobije  za  pretragu. Koristi se  tekuća dijeta i neki od pripravaka  za pripremu (gorka sol,  X – Prep sirup,  Purisan granule ili slično). Tekućinu treba piti iz većih čaša, zapravo na silu, a ne malo po malo. Ukoliko je  pretraga u anesteziji, ne  smije  se ništa piti niti jesti 4 sata pred zahvat.
Pregled se izvodi na lijevom boku, a kolonoskop se polako i pažljivo uvodi kroz anus, rektum i cijelo debelo crijevo, sve do spoja sa tankim crijevom. Tijekom pregleda u crijevo se upuhuje manja količina zraka, da bi se stjenka crijeva mogla dobro analizirati. Pregled je ponekad bolan, praćen osjećajem nadutosti i rijetko traje dulje od pola sata.  U onih pacijenata koji su prethodno imali veću operaciju u trbuhu, bili zračeni ili imaju nizak prag za bol, preporuča se pregled u kratkotrajnoj intravenskoj anesteziji.  Iza pregleda može se kratkotrajno imati osjećaj nelagode i blage grčeve u trbuhu, ponekad sa nagonom na stolicu, uglavnom zbog zraka koji se kroz endoskop upuhuje u vaše crijevo tijekom pregleda.

Komplikacije endoskopskih pretraga su moguće, ali i izuzetno rijetke. To je krvarenje nakon uzimanja uzoraka tkiva ili nakon odstranjenja polipa, te  iznimno perforacija (puknuće) stjenke probavne cijevi. Važno je na vrijeme uočiti znakove i simptome kao što je pojava zimice, tresavice ili povišene temperature, novonastalo otežano gutanje, bolovi u ždrijelu, prsima ili trbuhu, ili bilo koji drugi novonastali znak, odnosno simptom, te se  odmah obratiti liječniku.

Ako inače uzimate neke lijekove posavjetujte se prije toga sa liječnikom možete li ih uzeti prije pregleda ili ne. Osobito je važno napomenuti uzimanje  lijekova za razrjeđivanje krvi  kao što su Martefarin (varfarin), ReoPro (abciximab), Plavix, Zyllt (klopidogrel), Persantine (dipiridamol), Integrillin (eptifibatid), Tagren (tiklopidin), Aggrastat (terofiban).  Isto tako, ako bolujete od srčanih ili plućnih bolesti, porazgovarajte o njima sa liječnikom i ponesite raniju medicinsku dokumentaciju.

Ne treba, dakle, zaboraviti da su endoskopske pretrage  danas  sigurne, te da se  pravovremenim pregledom može spriječiti nastanak malignih bolesti, te  znatno pomoći i olakšati liječenje  kroničnih upalnih ili funkcionalnih bolesti.