Druga skupina srčanih šumova su organski ili patološki šumovi koji nastaju kao posljedica bolesti srca, srčanih struktura. Oni su posljedica prirođene (prisutne su već kod rođenja) ili stečene (pojavljuju se tijekom života) srčane bolesti. Različite bolesti srca ili pojedinih njegovih struktura uzrokuju srčani šum:

• bolest srčanih zalistaka (suženje i/ili insuficijencija zalistaka) kao posljedica urođene srčane greške, upalne bolesti (endokarditis), degenerativne bolesti (ateroskleroza), autoimune bolesti, nakon infarkta miokarda ili zračenja grudnog koša
• bolest srčanog mišića: nakon infarkta miokarda, upalne bolesti (miokarditis)
• bolest srčanih pregrada između klijetki ili pretklijetki srca (različiti defekti) koje dijele srce na lijevu i desnu stranu
• bolest velikih krvnih žila koje ulaze, odnosno izlaze iz srca (prirođene ili stečene)
• bolest srčanih ovojnica: većinom upalne (perikarditis)

Organski šumovi su obično glasniji od fizioloških, mogu biti sistolički i/ili dijastolički, te se često šire u okolinu. Mnogi od njih su povezani s određeni simptomima ovisno o bolesti i oštećenju srčanih struktura u podlozi šuma. Bolesnici se mogu žaliti na zaduhu, kratkoću daha, osjećaj lupanja ili preskakanja srca, bol u grudima, smetnje svijesti, kašalj, oslabljen apetit, može se javiti plavičasta boja kože prstiju i usana (cijanoza), oticanje nogu, izražene vratne vene, a kod djece smetnje rasta i razvoja.

Kardiolog auskultacijom srca postavljanjem stetoskopa na pojedina mjesta na grudnom košu procjenjuje vrstu i intenzitet šuma, vrijeme njegovog pojavljivanja tijekom srčane akcije, mjesto pojavljivanja. Već na osnovu auskultatornog nalaza kardiolog može procijeniti uzrok nastanka srčanog šuma, ali za sigurnu evaluaciju i konačnu dijagnozu treba uz pregled učiniti elektrokardiogram (EKG) i ultrazvuk srca s obojenim doplerom. Kad se postavi konačna dijagnoza, daljnje intervale praćenja ultrazvukom određuje kardiolog. U nekim slučajevima bit će potrebno učiniti dodatne dijagnostičke pretrage: transezofagealni (kroz jednjak) ultrazvuk srca, magnetsku rezonancu srca, stres test, kateterizaciju srca, rendgensko snimanje srca i pluća.

Ovisno o ustanovljenoj srčanoj grešci ili bolesti koja uzrokuje šum na srcu, kardiolog procjenjuje daljnje liječenje. Kod većine bolesnika dovoljno je samo redovito praćenje, kod drugih treba uvesti antibiotsku profilaksu bakterijskog endokarditisa neposredno prije invazivnih zahvata (kirurški i dentalni zahvati kod kojih se očekuje ulaz bakterija u krvotok), a nekim bolesnicima se uvodi medikamentozna terapija u cilju očuvanje srčane funkcije, rasterećenja srca i sprječavanja nastanka ugrušaka, te kontrole kardiovaskularnih rizičnih čimbenika. Pojedine srčane greške zahtijevaju operativno liječenje. Danas se sve više srčanih grešaka rješava invazivnim kateterskim putem, a sve manje klasičnim kirurškim putem. Važno je sve kardiovaskularne čimbenike rizika kontrolirati, liječiti i svesti ih u normalne vrijednosti jer oni pogoršavaju bolesti srčanih zalistaka, povećavaju kardiovaskularni morbiditet i mortalitet.