Lijekovi za liječenje JIA se uglavnom dobro podnose. Kod dugotrajne upotrebe kortikosteroida javljaju se mučnina i povraćanje, pojačava se apetit, debljina, osteoporoza, te povećanje jetrenih enzima.

Nuspojave lijekova i dužina trajanja liječenja

Lijekovi za liječenje JIA se uglavnom dobro podnose. Kod dugotrajne upotrebe kortikosteroida javljaju se mučnina i povraćanje, pojačava se apetit, debljina, osteoporoza, te povećanje jetrenih enzima. Gastrointestinalne smetnje i porast jetrenih enzima mogu uzrokovati nesteroidni antireumatici ( NSAID) i metotreksat (MTX). Biološki lijekovi ili anti-TNF lijekovi (Etanercept, Inflixamab, Remicade) se dobro podnose, no kako blokiraju imunološki sustav u organizmu, djeca postaju osjetljiva na infekcije. Zbog navedenih nuspojava potrebno je redovito kontrolirati djecu s JIA (laboratorijske i radiološke nalaze, reumatološki i oftalmološki pregledi) i savjetovati roditelje o prehrani.
Liječenje bi trebalo trajati dokle god su prisutni simptomi bolesti. Trajanje bolesti nije predvidivo. Bolest može trajati godinama, no u većini slučajeva se ipak spontano smiri nakon određenog vremena. O potpunom prekidu uzimanja terapije se može razmišljati tek nakon dužeg razdoblja bez znakova bolesti.

Prognoza bolesti

Prognoza JIA ovisi o tipu artritisa, te simptomima i komplikacijama bolesti. Kod neke djece se pojave opći znakovi bolesti bez artritisa, dok druga imaju dugotrajan artritis koji može napredovati sve do kontrakture zgloba (ukočenosti) ili se spontano povući. Posljednih godina je ostvaren vidan napredak u liječenju JIA, ali je prognoza  i dalje različita za svakog bolesnika.

Kvaliteta života

Jedan od važnih ciljeva liječenja bolesti jest da se ovoj djeci omogućiti normalan život. Važno je da djete redovito odlazi u školu, osim u akutnim fazama bolesti kada izostaje s nastave, te da se bavi nekom sportskom aktivnošću u vidu svojih mogućnosti. Djete ne smije osjećati kompleks manje vrijednosti u odnosu na svoje vršnjake. Nije dokazano da okolišni čimbenici poput prehrane i klime utječu na ishod bolesti.
Cijepljenje živim cjepivom (protiv rubeole, mumpsa, dječje paralize i tuberkuloze) nije dopušteno djeci s JIA koji uzimaju kortikosteroide, metotreksat i anti TNF lijekove. Navedeni lijekovi blokiraju imunološki sustav te je moguć rizik od nastanka infekcije i njezina širenja. Za ostala cjepiva, tj. kada ih primjeniti se treba posavjetovati s liječnikom reumatologom.
Budući da je terapija danas dosta napredovala u većini slučajeva se očekuje normalna kvaliteta života kada djete odraste. Za ostvarenje tog cilja nam je i važan psihički aspekt liječenja bolesti, ali i potpora roditelja. Roditelji trebaju imati pozitivno stajalište i pomoći djetetu da se lakše nosi s bolesti, suoči se s vršnjacima i postane stabilna i neovisna osoba.